Di:
Enrico M. Bucci – SHRO, Temple University – US
Raffaele A. Calogero – Università di Torino – IT
Mirella Vivoli Vega – University of Exeter – UK
“È ufficiale, arriva la conferma: il coronavirus è trasportato dal particolato atmosferico!”
La notizia è uscita fuori frettolosamente e divulgata in maniera distorta e non del tutto chiara, su molte testate giornalistiche, a solo due giorni di distanza dallo studio pubblicato dal gruppo SIMA (Società Italiana di Medicina Ambientale), in pre-print, ovvero senza aver subito ancora nessun processo di revisione da parte di altri esperti.
Gli autori affermano di aver già ipotizzato la possibilità che SARS-CoV-2 fosse presente nel particolato, ma che nessuno prima d’ora ha fatto esperimenti per confermare o escluderne la presenza del virus su queste particelle.
Il particolato (per un totale di 34 campioni di PM10, con diametro di 10 micron, provenienti da una zona industriale della provincia di Bergamo, e raccolti per un periodo di 3 settimane) è stato raccolto su filtri in fibra di quarzo, e adeguatamente “conservato” e spedito all’Università di Trieste. Qui è stato sottoposto a ulteriori analisi che hanno riguardato l’estrazione dell’RNA, seguita dal test di amplificazione, mediante la tecnica della PCR quantitativa, per valutare la presenza di frammenti (derivati dalla sequenza di 3 geni: E, RdRP e N) del materiale genetico (RNA) di SARS-CoV-2.
Bisogna preliminarmente considerare alcuni fattori:
- I campioni analizzati sono stati conservati per almeno quattro settimane prima di essere sottoposti ad analisi genetiche molecolari.
- Lavorare con l’RNA non è affatto una procedura facile, per cui il rischio di contaminazione e degradazione è molto elevato specialmente quando si manipolano quantità infinitesime di RNA come nel presente caso.
- Il test effettuato non può rivelare la presenza di virus attivo nel particolato[1].
Nonostante si sia partiti da 34 campioni, gli autori indicano che 15 su 16 filtri sono risultati positivi al gene E (che produce una proteina dell’involucro del virus, ma è un marcatore poco specifico); ma dove sono finiti i rimanenti 18 campioni? Si trovano sugli stessi filtri menzionati? Dei 16 filtri analizzati, 6 sono stati sottoposti ad una ulteriore analisi, per valutare la presenza del gene RdRP, un altro marcatore per SARS-CoV-2 (5 su 6 erano positivi). E gli altri 10 filtri?
Peraltro, a giudicare dalla figura 1A, il gene E è amplificato nei 16 campioni esaminati a Ct molto, molto alte; sebbene ci si attenda un segnale ad alte Ct, in queste condizioni, un controllo negativo ed una chiara strategia di thresholding sono indispensabili per evitare falsi positivi. Lo stesso dicasi per le 6 PCR del gene RdRP mostrate in figura 1B.
Pare poi di capire che i 34 campioni (gli autori parlano di 34 “RNA extractions”) sono stati spediti anche in una sede diversa, ospedaliera, per effettuare un secondo test “alla cieca” e in parallelo. 7 filtri hanno dato risposta positiva per almeno uno fra i geni RdRP, E e N, ma nessuno per tutti e tre. Sulla base di questi risultati, gli studiosi hanno affermato che questo lavoro rappresenterebbe la prima evidenza che SARS-CoV-2 RNA potrebbe essere presente sul particolato esterno, situazione questa che sarebbe in grado di favorire la persistenza del virus nell’atmosfera.
Quando si confrontano i numeri suddetti con la figura 2, si incontrano ulteriori difficoltà.
Gli autori, infatti, menzionano l’analisi in ospedale di 34 campioni; la tabella in questione contiene tuttavia solo 33 righe.
A questo punto, dovrebbe essere evidente che lo studio manca di risultati solidi che provino la presenza del virus e soprattutto di controlli negativi (i filtri con particolato ma senza alcun virus sottoposti alla medesima analisi, oppure particolato proveniente da zone non infette, o anche particolato sottoposto a denaturazione di RNA) e di replicati. Per quel che riguarda questo ultimo punto, gli autori stessi affermano, per mancanza di materiale, di non essere stati in grado di ripetere gli esperimenti e mostrare contemporaneamente la presenza dei 3 marcatori molecolari di SARS-CoV-2.
Le analisi di controlli negativi, e dei 3 geni marcatori per SARS-CoV-2 devono essere fatte contemporaneamente per evitare l’identificazione di falsi positivi. Inoltre, replicati dello stesso campione sperimentale sono fondamentali ed essenziali per confermare l’ipotesi!
Un punto particolarmente critico è la necessità di identificare in uno stesso campione almeno 2 geni dei tre testati, prima di poter affermare che si abbia qualche indicazione della presenza di RNA virale almeno in via ipotetica. Nel lavoro presentato, solo 2 campioni su 34 mostrano i geni E e RdRP ed uno solo i geni E ed N; ricordiamo peraltro che il gene E è quello meno specifico, e nemmeno in un caso i due marcatori un po’ più specifici sono presenti insieme.
In conclusione, solo quando i dati sperimentali saranno supportati dall’identificazione di almeno 2 dei 3 geni descritti, in presenza di controlli negativi di particolato e da replicati dei particolati potenzialmente contaminati nello stesso test sperimentale, solo allora, si aprirebbe la possibilità di testare la presenza del virus sul particolato atmosferico, allo scopo anche di ottenere un utile indicatore per rilevare precocemente l’eventuale ricomparsa del coronavirus.
[1] La procedura di identificazione dei geni del virus necessita unicamente della presenza di frammenti di RNA che contengano le regioni specifiche che vengono amplificate dalla PCR. Quindi, la potenziale presenza di RNA virale (tuttavia da verificare ancora) NON attesta necessariamente che il virus sia “vitale”, tantomeno che la carica virale sia in quantità tali da provocare automaticamente un’infezione, e nemmeno che il particolato rappresenti una TERZA VIA DI CONTAGIO.